目前对燃料电池性能的研究基本上都是对燃料电池的某一个目标进行分析，这可能会导致其他重要参数产生重大偏差，从而影响燃料电池系统的性能，并且对于一个发电装置来说，其功率和效率是一对不可分割的重要参数。为此，提出了一种针对燃料电池系统稳态输出功率与效率的双目标优化算法。通过模型分析得到燃料电池稳态输出功率和效率与影响变量的关系，采用控制变量的方法实现对输出功率和效率的最优化。因系统复杂的非线性关系，仿真中采用一种带约束处理机制的自适应差分进化多目标优化算法以实现优化目标。