系统谐波阻抗估计是开展谐波溯源的关键，现有方法大多是基于背景谐波电压或系统谐波阻抗不变的前提假设，但在新型电力系统中上述背景谐波参数可能在某些时间断面发生突变且呈现连续非平滑波动特征，导致现有系统阻抗方法产生较大误差。针对该问题，提出一种计及背景谐波时变特征的系统谐波阻抗估计方法。首先，提出输入参数少且客观性强的二分滑动T极大值法，用以辨识PCC处背景谐波多突变点，将谐波监测信号划分为若干相对稳定的区间；然后，建立PCC处谐波电压与电流的时变函数模型，考虑相邻采样间隔内背景谐波波动较小的特征，提出基于综合最小波动量原理的系统谐波阻抗求解方法，再引入矩阵稀疏技术减小计算冗余度；最后，利用仿真实验与工程实例分析，通过对比所提方法与现有方法，结果表明所提方法的计算精度提高了81%，运行时间缩短了83%。